В 1998 году она была реорганизована в муниципальное общеобразовательное учреждение «Кадетская школа № 46 Пензенский казачий генерала Слепцова кадетский корпус».Пензенский казачий отдел образован официально в 1991 году. Это стало возможным в связи с распадом СССР и изменением политического курса страны. С первых дней существования перед отделом встал вопрос, а кому мы собственно передадим наши традиции, обычаи и т.п. Ведь геноцид казачества в гражданскую войну, а затем 70- летнее забвение дали свои результаты и наши дети уже не помнили своих корней. Решением этого вопроса стало образование в 1993 году Пензенской воскресной казачьей школы, чисто ведомственного учреждения, в которой занимались исключительно дети казаков, преподавателями и воспитателями стали тоже казаки.
Первоначально в школе занималось 8 человек, но отдел в то время был небольшим. Изучались в школе история и традиции казачества, начальная военная подготовка, физическая подготовка. Кроме того, воскресная школа активно включалась в различные мероприятия, проводимые отделом, городом, принимала участие в восстановлении храмов города Пензы. Школа быстро стала набирать популярность, росло количество детей, нам уже стало тесно в стенах штаба отдела. В это же время в стране начало набирать силу, движение за возрождение кадетского образования в России.
Первым открывается в Новосибирске интернат «Сибирский кадетский корпус» в 1992 году на правах гимназии. В 1993 году открываются Донской кадетский корпус в городе Новочеркасске и Кубанский казачий кадетский корпус (оба интернаты), Воронежский и Московский кадетские корпуса как учреждения дополнительного образования. Связавшись с руководителями этих учреждений, у нас не осталось сомнений, какую форму должно иметь наше учебное заведение и в каком направлении нам двигаться.
Началась работа по регистрации учреждения дополнительного образования детей «Пензенского казачьего кадетского корпуса». В это время обучалось уже более 180 ребят. В 1996 году при поддержке Василия Кузьмича Бочкарева регистрируется Муниципальное учреждение дополнительного образования детей «Пензенский казачий генерала Слепцова кадетский корпус».
В 1996 году под эгидой Министерства образования Российской Федерации в Новосибирске было проведено первое Всероссийское совещание директоров кадетских корпусов. Присутствовали четыре кадетских корпуса- интерната и шесть кадетских корпусов учреждений дополнительного образования, в том числе и мы. На этом совещании был разработан проект действующего сейчас типового положения о кадетских школах и кадетских школах-интернатах, которое и было утверждено в 1997 году. То есть появилось правовое поле для создания кадетского учреждения с полным средним образованием.
В августе 1998 года средняя общеобразовательная школа № 46 реорганизуется в муниципальное общеобразовательное учреждение «Кадетская школа № 46 Пензенский казачий генерала Слепцова кадетский корпус». Учредителями школы стали Управление Образования города Пензы и Пензенский отдел Волжского войскового казачьего общества.